Šumava a Bavorský les tvoří společně nejrozsáhlejší území lesů ve střední Evropě.
Vysoká zachovalost přírodního prostředí s množstvím přirozených nebo málo pozměněných ekosystémů v typické a jedinečné šumavské krajině vedla již v roce 1963 k vyhlášení Chráněné krajinné oblasti Šumava.
- Na přírodovědně nejcennější části území CHKO Šumava byl v roce 1991 nařízením vlády č. 163/1991 Sb. zřízen Národní park Šumava.
- Jde o rozsáhlé území (největší národní park v ČR), které je jedinečné v národním i mezinárodním měřítku.
- Značnou část území NP zaujímají přirozené nebo málo lidskou činností ovlivněné ekosystémy s mimořádným vědeckým a výchovným významem.
- Funkci ochranného pásma plní CHKO Šumava obklopující národní park.
- Cennost území národního parku a jeho vysoký národní i mezinárodní význam je zdůrazněn a umocněn, kromě výskytu ekosystémů s mimořádně vysokou přírodovědnou hodnotou, i tím, že se nachází uprostřed hustě osídlené kulturní krajiny střední Evropy. I proto se na jednom území překrývá řada typů ochrany.
- Velký význam Šumavy co by zdrojnice vody je vyjádřen vyhlášením „Chráněné oblasti přirozené akumulace vod Šumava" v hranicích CHKO (od roku 1979).
- V roce 1990 byla Šumava vyhlášena řídícím výborem UNESCO za biosférickou rezervaci. V rámci programu „Člověk a biosféra (Man and Biosfere) pak tato platforma představuje most mezi ochranou přírody a regionálním rozvojem území. Ze strategické symbiózy profituje jak příroda, tak člověk.
- Jedním z nejvýznamnějších předmětů ochrany jsou na Šumavě mokřady (zejm. rašeliniště). V roce 1991 zde byla vyhlášena Ramsar site Šumavská rašeliniště.
- Ramsarská úmluva je celosvětová mezivládní úmluva na ochranu a moudré využívání přírodních zdrojů, chránící určitý typ biotopu - mokřady mezinárodního významu.
Území národního parku je z pohledu ochrany přírody dále členěno. Podle zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny jsou metody a způsoby ochrany národních parků odstupňovány na základě členění území národního parku zpravidla do tří zón ochrany přírody.
Vymezení zón se provádí s ohledem na přírodní hodnoty. Současné vymezení tří zón ochrany přírody je platné od roku 1995.
Nejpřísnější režim ochrany je, v souladu se zákonem, stanoven pro první zónu. V první zóně mají být zařazena nejvzácnější území s nejvýznamnějšími přírodními hodnotami (zejména přirozené a málo pozměněné ekosystémy – přirozené lesy, rašeliniště, jezera). Pro návštěvníky je nutné vědět, že právě s ohledem na cennost a zranitelnost ekosystémů v první zóně, je jejich pohyb omezen na vyznačené turistické trasy.
První zóna je vyčleněna ve 135 částech o celkové rozloze 8 807 ha tj. 12,9 % rozlohy NP Šumava.
Současný stav ekosystémů i úroveň lidského poznání napovídají, že platné vymezení první zóny je nedostatečné a mělo by dojít k jejímu plošnému rozšíření.
Do druhé zóny se zařazuje území s významnými přírodními hodnotami, člověkem převážně pozměněné lesní a zemědělské ekosystémy vhodné zpravidla pro časově omezené, přírodě blízké a šetrné lesní a zemědělské využívání.
Území druhé zóny je potenciálem pro rozšiřování první zóny. Celková rozloha činí 55885 ha tj. 82,1 %.
Do třetí zóny jsou zařazeny především střediska soustředěné zástavby – sídla a jejich nejbližší okolí. Cílem je udržet a podporovat využívání této zóny pro trvalé bydlení, služby, zemědělství, turistiku a rekreaci, pokud to není v rozporu s posláním národního parku. Celková rozloha činí 3372 ha, tj. 4,95 %.
Národní park Šumava se stejně jako Národní park Bavorský les dlouhodobě hlásí k managementové kategorii II – národní park podle IUCN (Světový svaz ochrany přírody, Mezinárodní unie na ochranu přírody).
Tato skutečnost se projevuje ve strategii ochrany přírody a cílech ochrany přírody v NP. IUCN partnersky spojuje státy, státní úřady a nevládní organizace, Česká republika je řádným členem od roku 2000 (usnesení vlády ČR č. 190/2000 z 16. 2. 2000).
Chráněná území kategorie II jsou rozsáhlá přírodní nebo přírodě blízká území, určená k ochraně velkoplošně probíhajících ekologických procesů spolu s množstvím druhů a ekosystémů pro dané území charakteristických, které zároveň dávají možnost pro realizaci duchovních, vědeckých, výchovných, rekreačních a návštěvních cílů, environmentálně a kulturně slučitelných s cíli ochrany území.
Primárním cílem je ochrana přirozené biodiverzity spolu s hlavními ekologickými strukturami a souvisejícími environmentálními procesy (nerušený vývoj ekosystémů se samovolně probíhajícími ekologickými procesy) a podpora vzdělávání a rekreace.
Proto je dlouhodobým strategickým cílem ochrany převážnou část území NP ponechat samovolnému vývoji při respektování existence sídelních enkláv a jejich ochranných pásem a majetků soukromých vlastníků.
S členstvím České republiky v Evropské unii souvisí vyhlášení Ptačí oblasti Šumava a Evropsky významné lokality Šumava v rámci soustavy Natura 2000.
Natura 2000 je soustava chráněných území evropského významu s nejcennějšími přírodními stanovišti a významnými druhy rostlin a živočichů.
Cílem vymezování lokalit Natura 2000 je zachovat přírodní prostředí a umožnit přežití rostlin a živočichů, které už na mnoha místech Evropy vymizely. Jednotlivé lokality této soustavy jsou vymezeny ve všech členských státech Evropské unie na základě dvou důležitých směrnic. Lokality „ptačích oblastí“ (PO) jsou vyhlášeny na základě Směrnice o ochraně volně žijících ptáků z roku 1979 a „evropsky významné lokality“ (EVL) na základě Směrnice o ochraně stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin z roku 1992.
Ptačí oblast Šumava byla vyhlášena nařízením vlády č. 681 v roce 2004. Zahrnuje celé území NP a část CHKO (celková rozloha PO Šumava činí 975 km2). Předmětem ochrany je 9 populací vybraných druhů ptáků a jejich biotopy – čáp černý (Ciconia nigra), jeřábek lesní (Bonasa bonasia), tetřívek obecný (Tetrao tetrix), tetřev hlušec (Tetrao urogallus), chřástal polní (Crex crex), kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum), sýc rousný (Aegolius funereus), datel černý (Dryocopus martius), datlík tříprstý (Picoides tridactylus). Cílem ochrany je zachování a obnova ekosystémů významných pro uvedené druhy ptáků v jejich přirozeném areálu rozšíření a zajištění podmínek pro zachování populací těchto druhů ve stavu příznivém z hlediska ochrany.
Evropsky významná lokalita Šumava zahrnuje celé území NP, většinu území CHKO Šumava, část NPP Blanice a Kochánovské pláně. Celková rozloha je 1719 km2. EVL Šumava byla Nařízením vlády č.132/2005 Sb. zařazena do Národního seznamu evropsky významných lokalit. Předmětem ochrany jsou jednak vybraná přírodní stanoviště (19 stanovišť), dále pak vyjmenované druhy rostlin a živočichů (8 druhů živočichů, 2 druhy rostlin). Cílem je zachování příznivého stavu přírodních stanovišť vyjmenovaných jako předmět ochrany a zachování přírodního prostředí a zajištění podmínek pro udržení populací konkrétních druhů rostlin a živočichů.
Vnější hranice lokality určuje oblast, kde je důvodem ochrany rys ostrovid (Lynx lynx), který jako poměrně velká šelma potřebuje dostatečně velké teritorium. Uvnitř této lokality se skrývají menší území, kde jsou chráněna stanoviště – například pro Šumavu typická rašeliniště, horské smrkové lesy nebo bučiny. Ale i louky, které vznikly dlouhodobou činností člověka, jsou cenným přírodním stanovištěm a zaslouží ochranu.
Seznam přírodních stanovišť a druhů, které se staly předměty ochrany v EVL Šumava, naleznete na internetových stránkách AOPK ČR.
Druhy, které jsou předmětem ochrany v EVL Šumava:
Srpnatka fermežová (Drepanocladus vernicosus)
Hořeček český (Gentianella praecox subsp. bohemica)
Perlorodka říční (Margaritifera margaritifera)
Střevlík Ménetriesův (Carabus menetriesi pacholei)
Mihule potoční (Lampetra planeri)
Vranka obecná (Cottus gobio)
Vrápenec malý (Rhinolopus hipposideros)
Netopýr velký (Myotis myotis)
Vydra říční (Lutra lutra)
Rys ostrovid (Lynx lynx)
