Die natürlichen Prozesse stellen einen komplizierten Komplex von ökologischen Beziehungen der biotischen und abiotischen Komponenten der Natur dar. Das System einer langzeitigen Überwachung stellt somit das einzige in der Praxis verfügbare Feedback der Tätigkeiten der Verwaltung des Nationalparks.
Die Überwachung und die Forschung im Nationalpark Böhmerwald dienen als Instrument zur Verfolgung und Auswertung des Einflusses des durchgeführten Managements. Insbesondere konzentriert sich das Monitoring auf die Erfassung und die Dokumentation von langfristigen Veränderungen aller Objekte des Naturschutzes und der wichtigen Komponenten der Natur sowohl auf den Gebieten ohne einen direkten Einfluss des Menschen, die einer natürlichen Entwicklung überlassen werden, als auch in den Teilen des Nationalparks, in denen aktive Management-Maßnahmen durchgeführt werden.
Auf dem Gebiet des Nationalparks Böhmerwald erfolgt im Rahmen des Inventarisierungsprojekts Biomonitoring der Wald-Ökosysteme des Nationalparks Böhmerwald ein kontinuierliches Biomonitoring der Wälder, die ihrer natürlichen Entwicklung überlassen werden.
Dieses Projekt läuft seit dem Jahr 2008. Es handelt sich um ein Monitoring auf einem seiner natürlichen Entwicklung überlassenen Gebiet. Die Messung wird auf Forschungsflächen des Inventarisierungsnetzes durchgeführt, das das gesamte betreffende Gebiet umfasst. Die Auswahl der Flächen erfolgte auf der Grundlage einer systematischen, randomisierten Methode.
Das Monitoring der Arten besteht in einer langfristigen Überwachung der Mengen der Populationen der einzelnen Arten, ihrer Gruppen oder Artengesellschaften, bzw. in der Überwachung ihrer Trends.
Die langfristige Überwachung der Mengen wird mithilfe von üblichen standardisierten Methoden mit periodischer Wiederholung in einem langen Zeitabschnitt vorgenommen, d.h. 10 und mehr Jahre.
In den Nationalparks Böhmerwald und Bayerischer Wald finden bereits über einen längeren Zeitraum grenzüberschreitende naturwissenschaftliche Forschungen statt.
Ziel des dauerhaften grenzüberschreitenden sozioökonomischen Monitorings ist, die Zufriedenheit der Besucher der Nationalparks Böhmerwald und Bayerischer Wald zu erhöhen, ohne dass der Wert des Schutzgebietes vermindert wird, denn die wertvollen Biotope und Arten stellen aus touristischer Sicht ein großes Potential dieses grenzüberschreitenden Gebiets dar. Deshalb ist es notwendig, eine Basis von Daten und Informationen über die Besucher zu gewinnen, die sowohl für eine tagtägliche Steuerung, als auch für eine langfristige Strategie der Verwaltung der Nationalparks verwendet werden.
Anhand von Daten über die Anzahl der Besucher und ihrer räumlichen und zeitlichen Verteilung, über die Höhe ihrer Ausgaben, über das Maß des Interesses am Umweltschutz und über die Bedeutung der Nationalparks für die Besucher, die hiesige Bevölkerung und die Dienstleister wird festgelegt, auf welche Art und Weise die Entwicklung des Reiseverkehrs und die regionale Entwicklung nachhaltig gesteuert werden soll.
Die Torfmoore stellen bemerkenswerte erhalten gebliebene Ökosysteme dar, die für den Wasserhaushalt eine wichtige Rolle spielen und die Biodiversität der Landschaft erheblich bereichern.
Hauptziel des Monitorings der Torfmoore des Böhmerwalds bestand seit Anfang an insbesondere in der Überwachung des Wasserhaushalts, und zwar mit Rücksicht auf die in der Vergangenheit durchgeführte Entwässerung und auf die Möglichkeiten einer Revitalisierung der beschädigten Örtlichkeiten. Im Laufe der Zeit entwickelte sich das Monitoring zu einer breiteren Untersuchung.
Heute stellen auch die Überwachung der Reaktion der Torfmoore auf Flächenveränderungen in der Gegend (zum Beispiel Zerfall der Bestände des Bergfichtengrüns) und die Auswirkungen der Klimaveränderungen einen wichtigen Teil des Monitorings dar.
