Geologische, pädologische und geomorphologische Bedingungen stellen grundlegende Voraussetzungen für die Entwicklung der Vegetation und die Grundwasser- und Oberflächenwasserregelung dar.
Der größte Teil des Gebiets gehört zu dem geomorphologischen Komplex Böhmerwald und zum Teil zu dem Böhmerwald-Gebirgsvorland, das einen Teil des Böhmerwald-Hochlands bildet.
Der Böhmerwald zählt zu den ältesten Gebirgen Mitteleuropas. Er weist Erhebungen von rund 700 m. ü. d. M. auf und seine höchsten Gipfel, nur auf der bayerischen Seite, überragen 1400 m.
Im Quartär tieften die Gletscher morphologisch markante Kare, von denen die meisten heute mit Wasser gefüllt sind. In der gleichen Zeit entstanden auch einige weitere auffällige Geländeformen wie Frostblöcke, Felsenwälle oder Hang-Steinschütten.
- Der höchste Gipfel auf der böhmischen Seite ist der Plechý (1378 m. ü. d. M.).
- Den Kern des Gebirges bildet das Plateau Šumavské pláně, eine ausgedehnte Bergebene mit einer Meereshöhe von rund 1000 m.
- Richtung Nordwesten verläuft das Bergland Železnorudská hornatina und Richtung Südosten der Bergkamm des Berglands Trojmezenská hornatina und der inländische Kamm des Berglands Boubínská und Želnavská hornatina, die von dem flachen Tal Vltavická brázda voneinander getrennt sind.
- Ganz spezifische Gebilde sind ausgedehnte, mäßig gewölbte Hochmoore sowie Niedermoore.
