Mezi zvláště chráněné druhy patří puštík bělavý (kriticky ohrožený), kulíšek nejmenší, sova pálená, sýc rousný, sýček obecný (silně ohrožené druhy) a výr velký (ohrožený).
Zvláště chráněné druhy jsou chráněny ve všech vývojových stadiích, chráněna jsou i jejich hnízdiště a prostředí, kde žijí.
Soví rarita voliér - vzácný Puštík bělavý je nejvzácnější šumavskou sovou
Izolované populace puštíka bělavého ve střední Evropě jsou pozůstatkem jeho rozšíření na konci poslední doby ledové. Tehdejší krajina Šumavy měla charakter tundry a lesotundry. Kromě Šumavy žije puštík bělavý v Karpatech a ve východních Alpách.
Dnes se odhaduje, že na Šumavě hnízdí a vyvádí mláďata již minimálně 15 až 25 párů. Napomohl tomu také projekt reintrodukce puštíka bělavého , který v současnosti pokračuje sledováním stávající populace a její životaschopnosti.
Další šumavské sovy
Pro Šumavu jsou typické rozsáhlé lesní porosty, místy pralesovitého charakteru, s mozaikou člověkem vytvořených luk, pastvin a sídel.
Právě střídání lesa s otevřenými plochami vyhovuje většině sov. Rozsáhlejší lesy ve všech nadmořských výškách preferují poměrně hojné sovy severského lesa – sýc rousný a kulíšek nejmenší.
Mezi další převážně lesní druhy patří puštík bělavý, puštík obecný a výr velký.
Členitá zemědělská krajina, okolí lidských sídel i ostrovy bezlesí po zaniklých osadách nabízí ideální podmínky pro kalouse ušatého, sýčka obecného a sovu pálenou. Sova pálená a sýček obecný patří k ubývajícím druhům, vyskytují se spíše v okrajových částech Šumavy.
