Jméno dala osadě zeleň viditelná na jaře z daleka. Založena byla v první třetině 18. století majitelkou prášilského panství Eleonorou von Mansfeld.
Ves byla rozdělena na dvě části: Horní a Dolní Zelenou Horu (známou jako „Zelenohorské Chalupy“). Po roce 1880 spadala horní část osady pod Velký Bor a dolní pod Srní.
Obyvatelé byli dřevaři a plavci polen v plavebním kanálu postaveném v roce 1801.
Zajímavostí je, že dcera zdejšího knížecího „Kanalhegera“, jak se říkalo plavebnímu hajnému, Franze Bauera Veronika se provdala do jednoho z nejznámějších hostinců na Šumavě – do Pollaufova hostince na Horské Kvildě.
V roce 1910 stálo v obou částech vesnice 11 po svahu roztroušených chalup s 87 obyvateli. V Dolní Zelené Hoře se nacházel mlýn rodiny Gruberů.
Z travnatých luk a „plantáží“ borůvek dodnes ohraničených kamennými snosy se nabízejí krásné výhledy na Srní a i dále do českého vnitrozemí.
