Převážnou část území Šumavy tvoří lesy, které zaujímají 80 % z celkové rozlohy NP.
Typologicky nejvýznamnější jsou květnaté bučiny, acidofilní bučiny a horské smrčiny (zonální vegetační jednotky).
Primární bezlesí se nachází na území, kde jsou nepříznivé podmínky pro vznik lesa. Jedná se např. o kamenná moře, skály, kary ledovcových jezer, či rašelinné mokřady – horská a údolní vrchoviště.
Druhotné bezlesí vzniklo působením člověka. Patří sem louky a pastviny.
Kromě tří již zmíněných zonálních vegetačních jednotek, se vytvořila celá řada přirozených azonálních jednotek, jejichž vznik a vývoj je většinou podmíněn edaficky, tj. většinou zvýšenou hladinou spodní vody, zrašeliněním, vysokým obsahem půdního skeletu, utvářením skalního reliéfu atd.
Jde zejména o rašeliniště, údolní luhy, podmáčené smrčiny, reliktní bory a bezlesá kamenná moře, suťové smíšené lesy, ekosystémy jezerních karů, vzácné relikty přirozeného, většinou mokřadního a mrazového bezlesí, nelesní prameništní systémy a ekosystémy stojatých a tekoucích vod.
Charakteristická vegetační stupňovitost je dnes přirozeně zcela roztříštěna částečným odlesněním krajiny a především přeměnou původních lesních společenstev na převážně smrkové kultury.
Popisy jednotlivých biotopů
Lišejníky či střevlíci tu mají hotový ráj. Nejnápadnější žlutozelený lišejník mapovník zeměpisný porůstá svými typickými tvary celé žulové bloky.
Občas se v kamenném moři prosadí i borovice kleč nebo keříky borůvky.
* Skalní výchoz – efekt zvětrávání, obnažování tzv. „čerstvé“ horniny
Lesy rostoucí na extrémně zamokřených půdách, rostou v okolí pramenišť, rašelinišť a v zamokřených terénních sníženinách. Ve vyšších polohách se vyskytují na okraji horských vrchovišť.
Půdy v těchto místech jsou vlhké, kyselé a chudé na živiny. Nedostatek živin i kyslíku v půdě a její nízké pH má za následek zakrnělý růst smrku.
Květnaté bučiny byly v minulosti převládajícím druhem lesů Šumavy v nadmořských výškách od 600 do 1000 metrů. Dnes po nich nacházíme jen zbytky, zejména v jižní a jihovýchodní části Šumavy; v částech Trojmezenské a Želnavské hornatiny a v komplexu Boubínské hornatiny, k nimž patří např. velká část světoznámého Boubínského pralesa nebo celá Zátoňská hora.
Tyto historické pastviny můžeme nalézt převážně v hřebenových polohách na německé straně Šumavy.
Ve větší míře jsou dochovány v údolní nivě středního toku Křemelné a podél Vltavy od Františkova až po Hornovltavskou kotlinu.
Stromové patro je tvořeno především olší šedou, místy s vtroušeným smrkem, klenem či vrbou jívou.
Bylinné patro bývá bohatě vyvinuté a dominují v něm vlhkomilné nitrofilní druhy. Typickým zástupcem lužních lesů je bobr evropský.
Nacházejí se v okolí pramenišť v nadmořské výšce kolem 1000 m n. m na hluboké, často mnohametrové vrstvě rašeliny a jsou zásobována výhradně dešťovou vodou.
Tato území představují stanoviště s kyselou půdou extrémně chudou na živiny, na kterých přežijí jen specializované druhy organizmů.
Stromy často zakrslých tvarů bojují v těchto drsných klimatických podmínkách o přežití.
Můžeme tu pozorovat i lesní vegetaci s borovicí blatkou.
Půdy jsou středně zásobené vodou i vlhčí, zpravidla středně bohaté živinami.
Na těchto lokalitách roste velký počet chráněných a ohrožených druhů šumavské flóry, z toho důvodu jsou tyto biotopy obhospodařovány šetrnými extenzivními zemědělskými způsoby.
Karové stěny dosahující výšky až 300 m jsou důkazem obrovské síly ledovců, které po oteplení naplnily jezerní pánve vodou a daly tak vzniknout nynějším 8 šumavským ledovcovým jezerům. Tři z nich se nacházejí na území NP Šumava, dvě na území CHKO Šumava, jedno v NP Bavorský les a dvě v chráněném území Naturpark Bayerischer Wald.
| jezero | Plešné | Prášilské | Laka | Čertovo | Černé | Roklanské | Velké Javorské | Malé Javorské |
| nadmořská výška | 1090 m | 1079 m | 1096 m | 1028 m | 1008 m | 1071 m | 934 m | 918 m |
| plocha jezera | 7,5 ha | 3,7 ha | 2,8 ha | 10,3 ha | 18,4 ha | 5,7 ha | 7,7 ha | 9,4 ha |
| objem vody | 0,62 mil. m3 | 0,27 mil. m3 | 0,04 mil. m3 | 1,85 mil. m3 | 2,88 mil. m3 | 0,18 mil. m3 | 0,45 mil. m3 | 0,25 mil. m3 |
| max. hloubka | 18 m | 15 m | 4 m | 36 m | 40 m | 13 m | 16 m | 9 m |
| plocha povodí | 67 ha | 52 ha | 135 ha | 86 ha | 129 ha | 58 ha | 258 ha | 279 ha |
V současnosti se porosty nacházejí v území ponechaném samovolnému vývoji. Mohou se tak přirozeně vyvíjet a v případě velkoplošného rozpadu, který je přirozenou součástí jejich vývoje, vzniká nová generace horských smrčin bez přímého vlivu člověka.
Přítomnost tlejícího dřeva má obrovský význam nejen pro obnovu těchto porostů, ale také pro biodiverzitu. Nové semenáčky se rády uchycují a přežívají na rozložených kmenech a v blízkosti pahýlů.
Velká část těchto lesů byla v minulosti vykácena a nevhodně nahrazena uměle vysázenými smrkovými monokulturami. Vyskytují se na kyselých půdách, bylinné patro je chudé.
Rostou zde acidofilní druhy nenáročné na živiny a přizpůsobené kyselému prostředí.
Tyto biotopy jsou podobně jako květnaté bučiny tvořeny smrkem a bukem s malou příměsí jedle a javoru klenu na spodní hranici rozšíření.
Na Šumavě jsou nejlépe vyvinuty na silikátových skalách kaňonů v Povydří, dále podél Otavy, Vltavy, Losenice a některých jejich přítoků.
Jedná se o suťové lesy s původním výskytem borovice lesní osidlující především izolovaná stanoviště skalních ostrožen a balvanitých sutí.
Oproti velmi chudému bylinnému patru s převahou acidofilních druhů je bohatě vytvořeno patro mechové a typický je výskyt lišejníků.
Těžištěm výskytu suťových lesů je pásmo květnatých bučin, od nichž se floristicky jen málo odlišuje.
Stromové patro charakterizuje vysoký podíl javorů a jilmu drsného, nechybí ani lípy, jasany či tis červený. V podrostu je typický výskyt kapradin a mechorostů.
