Der Nationalpark Šumava schützt die typischen Ökosysteme der mitteleuropäischen Gebirgslandschaft, insbesondere Wälder, Gletscherseen, Moorlandschaften und Bergwiesen, einschließlich deren Entwicklungsstadien.

Der Nationalpark gewährleistet den Schutz der natürlichen Prozesse im Einklang mit der weltweiten Mission der Nationalparks, und bietet zugleich genügend Raum für den aktiven Schutz der Arten- und Genvielfalt.