Horské smrkové lesy české i německé Šumavy jsou také domovem řady chráněných a kriticky ohrožených druhů, například rysa ostrovida, datlíka tříprstého nebo tetřeva hlušce. Šumavští tetřevi tvoří zatím jedinou životaschopnou populaci tohoto kriticky ohroženého druhu v rámci České republiky.
Na základě dosavadních zkušeností řady lesníků a ochránců přírody jak z území Národního parku Šumava, tak i z jiných států střední Evropy je nejlepší ochranou pro horské smrčiny jejich ponechání bez přímých zásahů člověka. Chránit horský smrkový les v národním parku znamená chránit celý lesní ekosystém - vývoj a procesy, které v něm probíhají. Dříve prosazovaná aktivní ochrana snažící se zakonzervovat a udržet určitý stav ekosystému je v měnících se podmínkách klimatu už ze své podstaty neudržitelná. Oblast horských šumavských smrčin by měla být místem lidské pokory a poučení.
