• Zemědělské činnosti

- vyloučení pastvy, hnojení a vjezdu těžké techniky do nivy

- ruční kosení lokalit s výskytem vzácných druhů (např. hvozdíky, prstnatce)

- převedení orné půdy na svazích na trvalé travní porosty

- zamezení hnojení na svazích nad nivou

• Revitalizace vodního režimu

- zastavení degradace narušených lokalit, zvýšení hladiny podzemní vody a celkové zvýšení retence (zadržování) vody v krajině

- podpora přirozeného rozmnožování ryb a obnovy dynamiky drobných toků

- program "Revitalizace šumavských mokřadů a rašelinišť"

Příklady - rašeliniště Soumarský Most (2002-2003), 1. zóna Malý luh (2004)

V přípravě: Hučina, Jedlový potok, Žlebský potok

• Průmyslové a jiné znečištění

- zamezení znečištění řeky

- prostředky: monitoring, vyloučení dalšího znečištění, odstranění starých zátěží

• Řeka

- zachování říčního ekosystému a zajištění jeho přirozeného vývoje

- prostředky: nastavení přísných limitů pro vodácké využití řeky, zamezení vstupování do řeky v nejcennějších částech toku - omezení rybářského využití