V Národním parku Šumava jsou využívána opatření kategorie D – Péče o zvláště chráněná území a zvláště chráněné druhy rostlin a živočichů.

Samostatnou a řádově nejobsáhlejší kapitolou PPK je péče o nelesní ekosystémy, zejména o louky, pastviny a neprodukční plochy, s výskytem chráněných a ohrožených druhů rostlin nebo celých společenstev. Jedná se především o realizaci speciálního zemědělského managementu, jako je provádění nevýnosných tradičních hospodářských činností na zemědělské půdě, kterými se udržuje žádoucí druhová skladba, zejména spektrum chráněných a ohrožených druhů rostlin. Jako managementové opatření se zde uplatňuje především extenzivní řízená pastva ovcí nebo skotu (případně kombinovaný způsob pastvy), ruční kosení nebo kosení lehkou mechanizací, ve stanoveném období vegetační sezóny. Důležitým předpokladem úspěchu většiny akcí je nenarušení tolik důležitého vodního režimu příslušného typu stanoviště.

Kromě toho byl v minulých letech realizován program na záchranu raka říčního, rysa ostrovida, reintrodukční program puštíka bělavého, realizovala se opatření na záchranu genofondu tisu červeného, byly zřízeny klonové archivy smrku ztepilého a šumavské borovice náhorního ekotypu. Z programu PPK byla také realizována celá řada revitalizačních opatření, např. na Černohorském močále nebo na vytěženém rašeliništi na Soumarském Mostě.

Jedním z příkladů péče o chráněné a ohrožené druhy živočichů je projekt „Monitoring, reintrodukce a posílení stávajících populací raka říčního (Astacus astacus) v NP a CHKO Šumava“, vypracovaný JU v Č. Budějovicích, Výzkumným ústavem rybářským a hydrobiologickým ve Vodňanech. Tento projekt spočívá ve sledování a hodnocení stávajících lokalit se zjištěným výskytem raka říčního a současným výběrem vhodných lokalit pro jeho další reintrodukci v NP a CHKO Šumava. Výhodou použití raků ze stávajících populací pro reintrodukci na dalších lokalitách je jejich geografická blízkost a tím i předpoklad dobré aklimatizace na podmínky v novém prostředí.

Bližší informace o stavu projektu, dosažených výsledcích je možno získat ze zprávy o řešení projektu „Monitoring, reintrodukce a posílení stávajících populací raka říčního (Astacus astacus) v NP a CHKO Šumava“ za rok 2006 – řešitel: JU v Č. Budějovicích, VÚRH ve Vodňanech (Ing. Pavel Kozák, Ph.D., Ing. Tomáš Policar, Ph.D.). Zpráva je uložena u Ing. Evy Zelenkové na Správě NP a CHKO Šumava ve Vimperku.