- snížená druhová diverzita lesních ekosystémů, (na úkor přimíšených dřevin je hospodářsky výrazně zvýšené zejména zastoupení smrku, který zaujímá kolem 83 % plochy lesů, z části i borovice s téměř 7 % zastoupením; naopak pouze zlomek původního zastoupení - cca 1/14 - má jedle, která dnes zaujímá méně než 1% plochy lesů, buk s plošným podílem téměř 6% dosahuje cca 1/4 původního zastoupení, pouze zlomku původního zastoupení dosahuje také klen),

- narušení genofondu hlavních dřevin,

- existenční ohrožení některých původních dřevin nebo jejich lokálních populací (tis, jilm, horský ekotyp smrku v prostoru Modravy; vzhledem k absenci mladších porostů je v dlouhodobém horizontu ohrožena lokálně i jedle a aj.),

- narušená věková a prostorová výstavba lesa a zastoupení jeho různých vývojových stádií,

- změněné tvarové a pevnostní parametry smrku, vyvíjejícího se v plně zapojených monokulturách, zvyšují riziko škod větrem a sněhem,

- narušení vodního režimu neuváženým odvodňováním za účelem zvýšení objemu a „bezpečnosti“ produkce dřeva, nevhodně vedenými transportními liniemi i změnami ve skladbě lesů. Důsledkem je otevření „krátkého koloběhu vody“ v krajině do koloběhu dlouhého - planetárního,

- narušení vazeb mezi základními složkami lesních ekosystému (např. vegetace - býložravci -velké šelmy).