Podle archeologických nálezů se zatím nepřipouští, že by Šumava byla ve větší míře osídlena lidmi v době paleolitu - starší doba kamenná sahá do doby 9000 let př. n.l. Prvotní sídla trvalejšího charakteru se v JZ Čechách objevují až v době bronzové (3 - 1 tis. let př. n.l.). Lesy ustupovaly zejména díky cílevědomému vypalování ohněm. Lesy velmi významně začali využívat keltští Bójové, kteří zde pobývali do přelomu letopočtu. Bójové byli postupně vytlačeni germánskými Markomany, kteří nechali zpustnout a lesem zarůst zemědělsky využívaná stanoviště, která Bójové vybudovali. S odchodem Markomanů se lesy vyvíjely téměř bez ovlivnění člověkem. A tak šumavské lesy začaly měnit svůj charakter až s příchodem Slovanů v 6. stol. n.l., kteří zde uprostřed neprostupných pralesů nalezli útočiště. Kulturní krajina začala soustavně pronikat do lesnatého okolí. Postupná neorganizovaná a celkem nenápadná forma osidlování JZ Čech probíhala až do konce 11. století.

K prvnímu masovému a víceméně organizovanému osidlování Šumavy dochází začátkem 12. století za vlády Přemysla Otakara I. Od té doby se šumavská příroda, tedy i lesy, vyvíjela pod silným vlivem činnosti člověka. Pralesy pohraničí (pomezního hvozdu) začaly ustupovat polím a pastvinám a tak začíná ve 13. století kolonizace českého pohraničí.

Od 13. století hovoříme o tzv. agrární kolonizaci. Jejím důsledkem byl vznik zemědělsky využívaných enkláv a sídel narušujících celistvost původních pralesních komplexů - zatím převážně v okrajových částech Šumavy. Otevření nepřirozených porostních stěn bez ohledu na nebezpečí bořivého větru vytvářelo první antropicky podmíněná ohrožení pralesních komplexů polomy a vývraty.

Od 14. století se vedle zemědělské kolonizace začala uplatňovat i kolonizace průmyslová. V první fázi se rozvíjelo zlatokopectví, následně sklářství. Příliv nových osadníků vyvolal potřebu dalšího odlesňování pro vznik sídel a zajištění obživy. Rostla také intenzita pastvy. Významný rozvoj sklářství doprovázený budováním nových sklářských hutí nastal od 16. století. Po přechodném útlumu vyvolaném třicetiletou válkou dosáhl dalšího vrcholu ve druhé polovině 17. a v 18. století.

Velká potřeba dřeva pro provoz sklářských pecí (palivo, potaš, stavební konstrukce) vedla k intenzivní holosečné exploataci v bezprostředním okolí skláren. Sklářské huti se po vyčerpání zdrojů dřeva stěhovaly za dřevem dále (hlouběji) do lesů. Desítky sklářských pecí na Šumavě vedly k rozsáhlé devastaci lesa. Z tereziánského katastru lze usuzovat, že na prášilsku byla v polovině 18. století (kromě trvale odlesněných ploch) asi třetina lesů dotčena těžbou. Na další významné ploše lesa se pásl dobytek.

Nejhlubší narušení šumavských lesů však nastalo až s nástupem dřevařské kolonizace od počátku 18. století. Jen na schwarzenbergském majetku v jižní části Šumavy vzniklo v období let 1728 -1792 kolem 25 až 30 osad. Paralelně probíhala kolonizace i ostatních částí Šumavy. Úměrně přílivu kolonistů rostly dříve popsané tlaky na lesní ekosystémy spojené se zabezpečením existenčních potřeb stále většího množství osadníků. S nástupem dřevařské kolonizace nabyla na rozhodujícím významu těžba dřeva pro komerční účely.

V oblasti Šumavy a v jejím bezprostředním okolí byl dřeva dostatek a proto zde mělo jen malou cenu. Těžba pro komerci nebyla příliš rentabilní. Mnohdy dávala větší výnos pastva dobytka. Transport dřeva do vnitrozemí povozy byl nákladný a splavnost řek omezená. Zejména na Vltavě byly vážnou překážkou peřeje pod Čertovou stěnou nad Vyšším Brodem. Dlouhé dříví plavené vory tuto překážku obcházelo dopravou na povozech po tzv. vorové cestě. Limitujícím faktorem těžeb byly, až do vybudování plavebních kanálů, transportní možnosti dřeva do vnitrozemí.

K zásadnímu obratu došlo vybudováním schwarzenbergského kanálu v roce 1793. Odbyt palivového dřeva pro Vídeň se ročně pohyboval mezi 10 -18 tisíci sáhy (kubický sáh po 60 stopách je 1,895 m3, po 70 stopách 2,2105 m3). O rychlosti holosečné exploatace svědčí fakt, že během necelých třiceti let nebyly v okolí kanálu zásoby dřeva vhodného k těžbě. (Z prostroru kolem Plešného jezera se zachovaly těžební mapy z roku 1791, lesní hospodářské plány z poloviny 19. století dokládají, že se plánované těžby uskutečnily.) Když byly všechny lukrativní lesy kolem kanálu vytěženy, byl kanál v letech 1821 - 22 prodloužen. Tím byly zpřístupněny do té doby těžbou podstatněji nedotčené lesy v oblasti Třístoličníku.

Na základě zkušeností s plavením dřeva kanálem v jižní části Šumavy, dal kníže Josef Schwarzenberg roku 1799 na nově získaném majetku příkaz ke stavbě Vchinicko-Tetovského kanálu. Jeho stavba byla dokončena roku 1801. Během následujících 60 let do roku 1860 bylo jen na tomto schwarzenbergském majetku vytěženo 4 024 933 m3 dřeva. Roční těžba dřeva tak v dlouhodobém průměru dosáhla 67,1 tis. m3, zatímco roční etát činil pouze 38,4 tis. m3. Extremita spočívala však především ve velikosti sečí a rychlosti postupu. Běžné byly ročně přiřazované 3,5 - 4 ha velké holé seče.

Ještě kolem roku 1855 se v šumavských lesích intenzivně páslo. Jen v prášilských lesích bylo paseno kolem 1 500 ks hovězího dobytka. K výraznému omezení pastvy došlo až po roce 1865, ale pro obživu obyvatel se uplatňovala dále. Na Modravsku se však pásl bavorský skot ještě v l. třetině 20. století ! Kromě pastvy se na vytěžených plochách až do roku 1922 často „travařilo“ (JELÍNEK 1998, ústní sdělení). Tato činnost dále likvidovala zbytky přirozeného zmlazení, které přečkalo holosečné uvolnění.

S postupem času se tlaky na lesy Šumavy až do poslední třetiny 19. století stupňovaly. Stav a využívání lesních ekosystémů Šumavy významně ovlivnily válečné události v letech 1939 - 1945, následující odsun německého obyvatelstva a hraniční režim omezující vstup do rozsáhlých příhraničních území. Polevující exploatační lidská činnost však byla v průběhu 20. století záhy vystřídána globální ekologickou zátěží v podobě imisí, kyselých dešťů a snad i dalších vlivů, které nejsme dosud schopni plně postihnout, tím méně kvantifikovat.

Vedle pastvy dobytka škodila zejména obnově lesa přemnožená jelení zvěř. Ve snaze omezit škody na stádech dobytka, i přímé ohrožení obyvatel Šumavy, byly likvidovány velké šelmy (vlk, medvěd, rys). Tím byl omezen predační tlak na spárkatou zvěř. Absence predátorů, spolu s mysliveckými zájmy, vedla k enormnímu zvýšení početních stavů spárkaté zvěře.

Produkčně orientované hospodaření lesy velmi vzdálilo od přírodě blízkého stavu. Druhové, věkové a prostorové složení lesů tohoto území doznalo velkých změn. Míra pozměnění lesních ekosystémů se mozaikovitě střídá.