Druhové, věkové a prostorové složení lesů tohoto území doznalo oproti původním lesům poměrně velkých změn. Rekonstrukci původní dřevinné skladby dokládá tabulka.

Porovnání současné a přirozené (rekonstruované) skladby dřevin v lesních ekosystémech v %.

Dřevina	SM	JD	BO	Blatka Kleč	Ost. jehl.	BK	KL	Pionýr. list.	Ostat .list.	Holina	Celkem
Přirozené zastoupení	51	13	2*	2(2,39)	TIS + cca 0,10	21	2	9	+cca 0,40	-	100
Současné *** zastoupení	84**	1(0,92)	4	2(2,38)	introd. +0,13	6	+0,23	2	+0,08	1(1,44)	100

legenda: SM – smrk ztepilý (Picea abies), JD – jedle bělokorá (Abies alba), BO – borovice lesní (Pinus sylvestris), blatka – borovice blatka (Pinus rotundata), kleč – borovice kleč (Pinus mugo) + borovice rašelinná (Pinus pseudopumilio), BK – buk lesní (Fagus sylvatica), KL – javor klen (Acer pseudoplatanus).

K nejmenším změnám v dřevinné skladbě došlo v nejvyšších polohách v 7. (buko-smrkovém) a 8. (smrkovém) vegetačním lesním stupni, v nadmořských výškách nad ca 1 100 m n. m., kde jsou rozšířeny kyselé bukové smrčiny, kyselé smrčiny, rašelinné horské smrčiny, vrchovištní smrčiny, vrchovištní klečové porosty apod. Směrem k nižším nadmořským výškám, kde byl les snadněji přístupný, pozorujeme oproti předpokládané přirozené dřevinné skladbě postupně větší změny. Jen „slaťové“ porosty kleče, blatky (a jejich hybridních rojů) jsou zřejmě nejméně dotčené. V nejnižších polohách uvažované oblasti jsou dnes převážně kulturní lesy, i když většinou se zastoupením autochtonních druhů dřevin cizí i místní provenience.

K významnému ochuzení druhové diverzity lesních ekosystémů došlo zejména předchozím hospodařením. Současné lesy přírodní lesní oblasti Šumava jsou tvořeny z téměř 81% smrkem ačkoli jeho průměrné přirozené zastoupení se zde pohybovalo mezi 30 - 40%. Současné zastoupení jedle, nedosahuje ani 2%. Zastoupení buku se nyní pohybuje okolo necelých 5%. Celkem zaujímají dnes na Šumavě jehličnaté dřeviny 91,6% a listnáče 8,4%. Ve více než 40% původních lesů NP Šumava měl smrk menšinové zastoupení (převládal buk s jedlí, menší měrou se podílel klen, jilm drsný, minoritně byly zastoupeny také třešeň a tis), na další cca třetině plochy původních lesů zaujímaly přimíšené dřeviny kolem 40% (opět převážně buk s jedlí a klenem). Pouze v nejvyšších polohách Šumavy, na cca čtvrtině plochy, převládal smrk s menší příměsí jeřábu a klenu a doznívajícím výskytem buku a jedle. Na specifických stanovištích rašelinné řady se vyskytovala kleč a blatka, na stanovištích borů náhorní ekotyp borovice lesní. Sukcesní plochy přechodně obsazovaly zejména břízy, borovice, osika a četné druhy vrb. V současných lesích je hospodářsky výrazně zvýšené zastoupení smrku (kolem 86 %). Naopak pouze zlomek původního zastoupení má jedle - cca 1/20, klen pouhou 1/16, buk cca 1/5 až 1/4 a např. z tisu, který na Šumavě vystupoval až do poloh nad 1000 m n. m. zbylo na celé Šumavě posledních cca 180 stromů.