Značně pozoruhodný je v kontextu Šumavy též složitý komplex vodní, mokřadní, bažinné a rašeliništní vegetace v Hornovltavské kotlině. Už fyziognomie této krajiny je v porovnání s ostatní Šumavou zcela výjimečná. Široká a plochá poříční niva s přirozeně meandrujícími a četnými dosud zachovanými pomalu zazemňovanými odstavenými říčními rameny skýtá mnohé možnosti pro přetrvávání některých reliktních vodních a mokřadních fytocenóz. Ve společenstvech vzplývavých a ponořených rostlin tekoucích vod (sv. Batrachion fluitantis) zde dosud přežívají silné populace stolístku střídavokvětého, vzácně i rdestu alpského, které spolu s lakušníky vytvářejí charakteristickou as. Myriophylletum alterniflori. Ve slepých oligotrofních říčních ramenech se dosud dochovaly zbytky společenstev se vzácným stulíkem malým (sv. Nymphaeion albae, as. Nupharetum pumili) a submerzní fytocenózy s bublinatkou jiční (sv. Utricularion vulgaris, as. Utricularietum australis). Vegetační program této krajiny dokresluje složitá mozaika bažinných vysokostébelných i nízkostébelných ostřicových porostů (sv. Caricion gracilis, Caricion rostratae), poříčních rákosin (sv. Phalaridion arundinaceae, as. Caricetum buekii, vzácně i as. Chaerophyllo-Phalaridetum arundinaceae), vysokobylinných nivních luk (viz dále), pobřežních a bažinných vysokobylinných porostů (sv. Sparganio-Glycerion a sv. Oenanthion aquaticae) s roztroušeným výskytem bazanovce kytkokvětého, mnohdy rozsáhlých křovitých porostů tavolníku vrbolistého (dosud syntaxonomicky nezhodnocených), rašelinných březin (sv. Betulion pubescentis), roztroušených bažinných vrbin (sv. Salicion cinereae, as. Salicetum pentandro-auritae) a v neposlední řadě též u zmíněných údolních blatkových rašelinišť.