Velmi významný a cenný je komplex azonálních společenstev v šumavských jezerních karech. Jde o fragmenty některých subalpinských společenstev, která jsou zde díky geomorfologickým a specifickým klimatickým podmínkám vytvořena již pod hranicí lesa. Především jsou to subalpinská krátkostébelná travinná a keříčková společenstva (sv. Juncion trifidi) na horních ploškách svorových skalních stupňů ve stěnách Černého a Čertova jezera, s psinečkem skalním, sítinou trojklannou, jinořadcem kadeřavým aj. (Agrostis rupestris-Juncus trifidus spol.). Dále jsou to skalní klečové porosty (sv. Pinion mughi) na horních plochách skal v karech Černého a Plešného jezera. Mnohem rozsáhlejší klečové porosty na minerálním substrátu jsou však vytvořeny na bezlesých kamenných mořích mimo jezerní kary. Vyskytují se zejména v oblasti Plechého a Třístoličníku, na hraničním hřebenu Královského hvozdu, ale v menších fragmentech i v oblasti Šumavských plání, kde tvoří na mnoha místech pozoruhodnou mozaiku s jinými společenstvy klimatického i edafického klimaxu. Jejich detailní syntaxonomické zatřídění na Šumavě je dosud nejasné. Charakteristicky jsou v uvedených karech vytvořeny i vysokobylinné kapradinové nivy (sv. Dryopteridi-Athyrion) a vysokostébelné subalpinské trávníky (sv. Calamagrostion villosae) na úpatí skalních stupňů. Kapradinové nivy tvoří zde specifickou šumavskou asociaci Gentiano pannonicae-Athyrietum alpestris, klasifikace třtinových niv je diskutabilní. V unikátních vodních submerzních společenstvech jezer (sv. Isoetion lacustris) roste v Černém jezeře v hloubkách přes 2 m šídlatka jezerní a v Plešném jezeře v hloubkách do 2 m šídlatka ostnovýtrusná (as. Isoetetum echinosporae). Jiné jedinečné společenstvo se zevarem úzkolistým (Sparganium angustifolium spol.) zde již evidentně zaniklo.