Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Rostlinstvo
Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Regionálně fytogeografické členění
Z fytogeografického hlediska, v kontextu širších vztahů, leží celá Šumava ve středoevropské provincii středoevropské květenné oblasti temperátního pásma Evropy.
Předšumaví a nižší polohy Šumavy náleží do fytogeografické oblasti mezofytikum, která je charakterizována jako oblast zonální vegetace středoevropského opadavého lesa, zaujímající suprakolinní až submontánní vegetační stupeň, s klimatem mírně oceanickým s přechodem do mírné kontinentality (dle klimatického členění jde o jednotlivé okrsky mírně teplé oblasti).
Vybočení z popsaného rámce, vyvolané výškovou členitostí území střední Evropy, reliéfem, klimatem, popřípadě i dlouhotrvajícím vlivem lidské činnosti na vegetaci a složení květeny, je nutno považovat za projevy extrazonality. Na Šumavě takto z rámce mezofytika vybočuje extrazonální chladnomilná květena horská - oreofytikum, v níž až na nepatrné výjimky chybí zastoupení teplomilných druhů. Zaujímá zde vegetační stupeň montánní až supramontánní (mimo ČR až subalpinský). Dle klimatického členění jde o chladnou oblast.
Mezofytikum je v šumavských poměrech charakterizováno výskytem květnatých bučin a jedlin (Eu-Fagenion, Galio-Abietenion) a kyselých podhorských bučin (Luzulo-Fagion nižších poloh). V submontánním stupni mezofytika má horní hranici rozšíření např. dub zimní, lípa srdčitá, svízel lesní, jaterník podléška, třezalka horská, pcháč zelinný, válečka prapořitá aj. a fytocenózy svazů Arrhenatherion, Molinion, Hyperico perforati-Scleranthion perennis, Prunion spinosae, Bromion erecti, Alno-Ulmion (spol. se střemchou a olší lepkavou).
Šumavské oreofytikum je charakterizováno smíšeným smrko-buko-jedlovým lesem (horní okraj Eu-Fagenion, Luzulo-Fagion vyšších poloh), klimaxovými a podmáčenými smrčinami a jedlinami (Piceion excelsae), oligotrofními jezery (Isoetion lacustris), ombrotrofními rašeliništi (Sphagnion medii, Leuko-Scheuchzerion), horskými loukami a pastvinami. V montánním stupni oreofytika je horní hranice rozšíření např. borovice blatky, jedle, lípy velkolisté, jilmu drsného, rojovníku bahenního, lipnice oddálené, vachty trojlisté, zvonečníku černého, kyčelnice devítilisté, k. cibulkonosné, pšeníčka rozkladitého a mnohých dalších. Naopak zde začíná výskyt typicky horských druhů, např. oměje šalamounku, šťovíku horského, papratky alpinské, biky lesní, plavuníku alpského, běloprstky bělavé, hořce šumavského, žebrovice různolisté, lipnice Chaixovy, kleče a dalších. V supramontánním stupni jsou významnými formacemi horské pastviny (Nardion) a fragmenty subalpinských společenstev v karech a na prameništích.
Šumavské mezofytikum a oreofytikum je na základě detailních vztahů a poměrů ve složení flóry a vegetace dále, poměrně velmi podrobně, členěno do nižších fytogeografických jednotek - okresů a zejména podokresů.
Lze konstatovat, že vymezení šumavského oreofytika (fyt. okres 88 - Šumava) se v zásadě kryje s hranicí CHKO a BR Šumava. Jen v celkem nepatrné míře zasahují do CHKO a BR výše položené úseky mezofytika; v SZ části fyt. okres 34 - Plánický hřeben, ve střední i jižní části fyt. okres 37 - Šumavsko-novohradské podhůří a to prostřednictvím podokresů 37a - Horní Pootaví, 37e - Volyňské Předšumaví, 37g - Libínské Předšumaví, 37h - Prachatické Předšumaví, 37i - Chvalšinské Předšumaví, 37l - Českokrumlovské Předšumaví a 37n - Kaplické mezihoří.
V hranicích NP Šumava a CHKO je zahrnuta naprostá většina území šumavského oreofytika s výjimkou celého fyt. podokresu 88c - Javorník a nejvýchodnějších výběžků podokresů 88g - Hornovltavská kotlina a 88h - Svatotomášská hornatina.
Vlastní národní park zaujímá téměř celý fyt. podokres 88b - Šumavské pláně, část podokresu 88d - Boubínsko-stožecká hornatina (jen stožeckou a stráženskou část), prakticky celý podokres 88e - Trojmezenská hornatina a výše položenou část podokresu 88g - Hornovltavská kotlina.


