Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Rostlinstvo
Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Vegetace
1) Zásadním negativním faktorem pro hydrologicky podmíněná společenstva rašelinišť je pochopitelně jakákoli změna vodního režimu, zejména odvodňování, a to nejen na vlastním ložisku, ale i v jeho širším okolí.
Prakticky všechna šumavská rašeliniště byla v posledních staletích, v menší či větší míře, ovlivněna úpravou vodního režimu. Ve většině případů však šlo jen o odvedení vody z kontaktních lesních porostů otevřenými příkopy za účelem zlepšení podmínek pro pěstování lesa a zvýšení jeho stability.
Zvýšená intenzita odvodňování zanedbaných zemědělských pozemků postihla především skupinu minerotrofních lučních prameništních rašelinišť, které tím namnoze prakticky zcela zanikly.
2) Těžba rašeliny je přímý narušující faktor, který v malém měřítku a rozptýleně působil i v minulosti; tato činnost mnohdy přinesla i příznivé znovuoživení rašelinotvorných procesů a restituci cennějších společenstev z ranějších fází vývoje rašelinišť. Mnohá menší luční ložiska rašeliny však tímto způsobem zmizela beze zbytku.
Dnes je průmyslová těžba rašeliny soustředěna do tří lokalit, kde bude postupně končit. Tento způsob má za následek definitivní zánik původních rašeliništních biotopů.
3) Nevhodné metody lesního hospodaření, provázené často kalamitami (větrnými, kůrovcovými) mají v současné době za následek úplné obnažení lesních vrchovištních rašelinišť s následnou změnou mikroklimatu.
4) Minerotrofní luční rašeliniště byla donedávna ohrožena všemi faktory „intenzivního“ zemědělství, od zásadních rekultivací přes hluboké a systematické odvodnění až po přeorání a vytvoření trvalých travních porostů. Prostřednictvím úletů a splachů aplikovaných hnojiv jsou ohroženy jak minerotrofní, tak ombrotrofní typy vegetace, jinak dosud přímo nazasažené lidskou činností, ležící však na kontaktu se zemědělskými pozemky.
5) Přímý vliv vzdušných imisí na zdejší rašeliništní vegetaci není zatím do všech důsledků objasněn. Rozhodně se začíná negativně projevovat na dřevinné složce (především smrku) rašeliništních společenstev; ústup dřevin by v principu nemusel být zásadním nepříznivým faktorem, pokud by nebyly negativně ovlivněny další podstatné složky rašeliništních ekosystémů. Globální negativní dopad imisí se zatím hlavně nepřímo přes lesní porosty v širším zázemí rašeliništních lokalit.


