Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Rostlinstvo
Základní vklad do fytogenofondu Šumavy se uskutečňoval v dávných obdobích geologické minulosti země. Ve svém úhrnu proto odpovídá středoevropskému globálu danému polohou, rozpětím nadmořských výšek, klimatem a změnami klimatu v průběhu věků.
Flóra
Přehled ochranářsky významných taxonů
| chráněné druhy | ||||
| I - kriticky ohrožené | II - silně ohrožené | III - ohrožené | Celkem | |
| Šumava | 15 | 36 | 37 | 88 |
| NP ŠUMAVA | 10 | 29 | 30 | 69 |
| CHKOŠ + zbytek BR | 11 | 27 | 29 | 67 |
Naprostá většina ochranářsky významných, ohrožených a chráněných druhů (ca 80 %) v rámci šumavského oreofytika je soustředěna v nelesních formacích, a z těch opět mají největší význam ekosystémy lučního bezlesí, v nichž je soustředěno hrubým odhadem nejméně 60 % celkové druhové diverzity Šumavy a např. 70 % kriticky ohrožených atd.
Pro území vlastního národního parku jsou odpovídající podíly taxonů v lučních formacích poněkud nižší. Příčinou je nižší poměrné zastoupení bezlesí a přirozeně relativně menší druhová diverzita luk a pastvin vysokých poloh. Přesto však je více než zřejmé, že bezlesé luční formace s různou potřebou a úrovní managementu mají zásadní význam pro zachování současné druhové diverzity národního parku Šumava. To je z botanického hlediska základní východisko, ze kterého se musí odvíjet základní filozofie celého plánu péče.
Současná flóra a vegetace se v podstatě zformovala v posledních 15 - 20 tis. letech v období pozdního glaciálu a v postglaciálu. Za toto poměrně krátké období se ve střední Evropě vystřídala řada často zásadně odlišných vegetačních formací v procesu sekulární vegetační sukcese, která je vcelku obecně známá. Odeznívání poslední doby ledové a několik dalších tisíciletí holocénu, v nichž se příroda vyvíjela zcela bez zásahu člověka, charakterizuje postupné kolísavé oteplování a zvlhčování klimatu. Na sklonku posledního glaciálu a v nejranějších fázích holocénu se také začala, v podobě pramenných močálů, tvořit většina velkých šumavských rašelinišť. Bezlesá periglaciální tundra byla postupně vystřídána lesem, rozrůzněným podle výškové členitosti pohoří a edafických poměrů. Ustálením klimatu a tím i přirozeného vegetačního krytu v podstatě skončilo období utváření původní flóry, která co do složení vznikala převážně z místních zdrojů.
Důležitou fytogeografickou charakteristikou každého území je existence či absence endemických taxonů. Kromě již asi zcela vyhynulého hořečku mnohotvarého pravého (Gentianella praecox subsp. praecox) se Šumava nemůže pochlubit žádným dalším úzce lokálním endemitem. Přesto je však její území jádrem výskytu čtyř endemických taxonů se širším rozšířením v rámci Českoněmecké vysočiny. Jde o oměj šalamounek (Aconitum plicatum), hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica), zvonečník černý (Phyteuma nigrum) a v roce 1982 právě ze Šumavy (od Horské Kvildy) popsaný zvláštní poddruh prstnatce májového - prstnatec májový rašelinný (Dactylorhiza majalis subsp. turfosa).
Tak jako ostatní srovnatelná středoevropská pohoří, má i Šumava ve své květeně určitý podíl glaciálně reliktních prvků, které se na extrémních typech stanovišť udržely dodnes. Jsou zbytkem květeny severské periglaciální tundry, zatlačené v glaciálu do střední Evropy k jihu postupujícím pevninským ledovcem. Ve střední Evropě je těžištěm jejich výskytu montánní až supramontánní vegetační stupeň, nebo inverzní polohy, klimaticky hodnocené jako chladná oblast (minimálně 40 ledových dnů v roce). Na Šumavě jsou to především druhy vrchovištní a některé druhy rostoucí v ledovcových karech. Z hlediska typu celkového rozšíření jde o druhy arktoalpinské, boreomontánní a sobboreálně montánní. Právě arktoalpinské druhy, snad s výjimkou plavuníku alpinského (Diphasiastrum alpinum), na Šumavě nerostou. Za boreomontánní lze považovat např. vrchovištní druhy břízu trpasličí (Betula nana), suchopýrek trsnatý (Trichophorum cespitosum), šichu oboupohlavnou (Empetrum hermaphroditum) a pak např. sítinu trojklannou (Juncus trifidus) ze stěny Černého jezera a vrcholu Ostrého. Druhy se subboreálně-montánním typem rozšíření jsou zastoupeny např. kyhankou sivolistou (Andromeda polifolia), vlochyní bahenní (Vaccinium uliginosum), rosnatkou anglickou (Drosera anglica), ostřicí bažinná (Carex limosa), blatnicí bahenní (Scheuchzeria palustris), suchopýrkem alpským (Trichophorum alpinum), šídlatkou jezerní (Isoëtes lacustris) a š. ostnovýtrusnou (Isoëtes echinospora), plavuní pučivou (Lycopodium annotinum)a mnohými dalšími.
Zvláštní skupinou boreálních prvků jsou druhy s tzv. boreálně-sarmatským typem rozšíření, které v glaciálu migrovaly do střední Evropy z východní části kontinentu. Na Šumavě k nim patří např. dnes již vyhynulý všivec žezlovitý (Pedicularis sceptrum-carolinum), vrba borůvkovitá (Salix myrtilloides), rojovník bahenní (Ledum palustre), ptačinec dlouholistý (Stellaria longifolia), popelivka sibiřská (Ligularia sibirica), třtina nachová (Calamagrostis phragmitoides). Je pozoruhodné, že velká většina z nich je dnes soustředěna jen v kotlině horní Vltavy a zakládá tak fytogeografickou jedinečnost tohoto území v kontextu celé Šumavy.
Osobitým rysem šumavské květeny je relativně vysoký podíl prvků alpského původu. Dnes předpokládáme, že jejich příliv na Šumavu začal už v průběhu posledního glaciálu a pokračoval pak v několika dalších vlnách hluboko do období postglaciálu. Z časných fází této imigrace pochází zřejmě celá řada druhů, charakteristických dnes pro fragmenty subalpinských společenstev v jezerních karech, a druhů s dnešním optimem výskytu v druhotném bezlesí vyšších poloh, např. psineček skalní (Agrostis rupestris), hořec panonský (Gentiana pannonica), vrba velkolistá (Salix appendiculata), koprníček bezobalný (Ligusticum mutellina), bojínek švýcarský (Phleum rhaeticum), starček podalpský (Senecio subalpinus) a řada dalších. Pozdější vlna alpské imigrace, která proběhla v souvislosti v šířením tzv. bučinného komplexu (v atlantiku, tzv. klimatickém optimu postglaciálu, před 8 - 6 tisíci léty) z jižně položených refugií na sever, a která tentokráte směřovala na Šumavu výhradně jihovýchodní cestou přes Novohradské hory, přinesla sem řadu lesních ale i nelesních druhů; především však ale zasáhla jen jihovýchodní část pohoří a tak je dnes lesní květena této části Šumavy v mnoha ohledech příbuznější květeně Novohradských hor než květeně SZ Šumavy. Takto byla květena JV Šumavy obohacena např. o řeřišnici trojlistou (Cardamine trifolia), kerblík lesklý (Anthriscus nitida), meruzalku alpskou (Ribes alpinum), kýchavici bílou (Veratrum album), pryskyřník omějolistý (Ranunculus aconitifolius) a pravděpodobně i šafrán bělokvětý (Crocus albiflorus), známý dnes z několika lokalit roztroušených po celém území Šumavy. Některé z nich, jako např. dřípatka horská (Soldanella montana), kamzičník rakouský (Doronicum austriacum), pryskyřník platanolistý (Ranunculus platanifolius), lipnice Chaixova (Poa chaixii) aj. kvantitativně vyznívají i do severozápadní Šumavy. Alpského původu jsou ovšem na Šumavě desítky dalších druhů od zcela obecných a běžných, jako je třtina chloupkatá (Calamagrostis villosa), podbělice alpská (Homogyne alpina), řeřišničník Hallerův (Cardaminopsis halleri) a prha chlumní (Arnica montana), po druhy méně běžné až vzácné, jako je např. chrpa horská (Centaurea montana), jestřábník oranžový (Hieracium aurantiacum), čípek objímavý (Streptopus amplexifolius), vrbovka nící (Epilobium nutans) aj.
Na druhé straně je severozápadní část Šumavy a Předšumaví oproti JV Šumavě relativně obohacena o některé subatlantské prvky, které kvantitativně vyznívají směrem k jihovýchodu. Je to např. mokrýš vstřícnolistý (Chrysosplenium oppositifolium), sítina ostrokvětá (Juncus acutiflorus), sítina kostrbatá (Juncus squarrosus), vranec jedlový (Huperzia selago), žebrovice různolistá (Blechnum spicant), svízel hercynský (Galium saxatile) aj.


