Stamiliony let geologické historie jsou hlavním zdrojem pestrosti šumavské krajiny. Její povrch byl několikrát zdvižen horotvornými pochody, několikrát zarovnán a přitom rozlámán a rozrýván erozí. Po odstranění svrchních kilometrů zemské kůry zvětrávacími pochody a odnosem se na dnešní povrch dostaly horniny tvořící se dříve hluboko pod ním. Zejména zde nalezneme různé druhy rul a granitů, které zastupují dvě, na Šumavě zcela převládající skupiny hornin, totiž horniny přeměněné a hlubinné vyvřeliny.

Odolnější horniny, které dokázaly lépe vzdorovat zvětrávání a odnosu, vyčnívají dnes nad okolní povrch jako bizarní skalní útvary nebo mohutné terénní vyvýšeniny, obohacují tvářnost šumavské krajiny.

V nejmladších geologických obdobích pak celá řada horských ledovců vysílala své splazy do údolí. Zanechala za sebou příkré skalní stěny ledovcových karů a množství přesunutého materiálu, který v podobě morénových valů dosud zadržuje jezerní vody. Působení ledovce modelovalo také horu Plechý, nejvyšší vrchol na české straně Šumavy. I za tvar mohutného (svorového) jehlanu Velkého Javoru v sousedním Bavorsku, nedaleko našich hranic, je odpovědný ledovec.

Rulový Boubín se svým slavným pralesem má na svazích kamenné moře z rozlámaných horninových bloků, oddělených při střídavém zamrzání a odtávání.

Do horninového masivu Šumavy se zařezávaly a dosud zařezávají vodní toky jako Vydra a Křemelná a hloubí zde svá hluboká, kaňonovitá údolí. Na plochém a mírně zvlněném povrchu Plání, tam, kde se hromadí voda, jsou rozlehlá rašeliniště, na nichž najdeme i rostlinné druhy přežívající z dob ledových.

Pro vnímavého pozorovatele či návštěvníka Šumavy se neživá příroda může stát nejen zajímavou učebnicí, poskytující přehled o svém vlastním dlouhém a pestrém vývoji, probíhajícím i v naší současnosti. V mnoha případech je totiž klíčem k pochopení zákonitostí a procesů, určujících dění v té části přírody, jejímž principem je organický život.

Zájmová oblast se přes svůj celkově horský charakter s převahou kyselých substrátů vyznačuje některými zvláštnostmi, které ji po přírodovědecké stránce odlišují od jiných pohoří České republiky. Tyto zvláštnosti se pak významně obrážejí i v charakteru půdního pokryvu.

Z naznačených specifik je to především velká střední nadmořská výška území, která jen v nepatrnch úsecích klesá pod 600 m n.m. a vylučuje tak významnější uplatnění půd nižších poloh. Dále to je relativně zarovnaný povrch, zejména centrální část území, který je příznivý mohutnému rozvoji semihydromorfních a hydromorfních půd a konečně ve srovnání s jinými pohořími Čech a Moravy je to celkově mírnější klima. Tento charakter klimatu je snad podmíněn poněkud jižnější polohou v rámci republiky, ale pravděpodobně též uplatněním vlivu alpského föhnu. Výsledkem tohoto vlivu je pak poněkud pozměněná půdní pásmovitost území, kdy jednotlivá pásma zasahují do větších nadmořských výšek než u jiných pohoří.

V dalším textu jsou uvedeny nejvýznamnější půdní jednotky, které se podílejí na tvorbě půdní mozaiky našeho území a to zejména na úrovni půdního typu. Nomenklatorika půd je používána podle klasifikace zavedené u půdních map 1:50 000 (ČGÚ), v závorce jsou pak uváděny ekvivalentní názvy podle Morfogenetického klasifikačního systému půd ČSFR a půdní klasifikace FAO.

Z terestrických půdních typů se na zájmovém území uplatňují zejména:

· Surová půda (litozem, Lithosol) se azonálně vytváří na fyzikálně navětralých výchozech hornin na příkrých svazích říčních údolí, nebo na exponovaných vrcholech terénních vyvýšenin. Půdotvornými substráty jsou téměř výhradně zvětraliny kyselých metamorfik nebo intrusiv. Lokality surových půd jsou stanovišti reliktních borů nebo i zakrslých smrčin.

· Ranker (ranker, Ranker) je opět azonální půdou, vytvořenou na převážně fyzikálních rozpadech hornin, ale v tomto případě přemístěných, tj. v různé míře zazemnělých sutích. Na našem území se vyskytuje v četných, plošně nepříliš rozsáhlých celcích. Původními porosty těchto lokalit jsou obvykle suťové lesy. Plochy rankerů jsou zpravidla ponechány lesu, v některých případech značně produktivnímu.

· Hnědá půda kyselá (kambizem typická, Eutric Cambisol) má již převážně zonální charakter a uplatňuje se v souvislejších celcích v nižších partiích oblasti, převážně do nadmořské výšky 800 m. Matečným substrátem těchto půd jsou obvykle středně mocné zvětraliny hornin skalního podkladu, původními porosty pak květnaté bučiny, místy i jedlové doubravy. Tyto půdy se uplatňují jak pod lesem, tak zejména pod zemědělskou kulturou.

· Hnědá půda silně kyselá (kambizem kyselá, Dystric Cambisol) je velkoplošně rozšířena ve výškovém stupni 800 - 1 000 m n. m.. Při dolním okraji svého rozšíření se prostupuje s hnědými půdami kyselými, při jeho horním okraji s půdami rezivými. Půdotvorným substrátem těchto půd jsou obvykle také středně mocné zvětraliny pevných hornin, původní vegetační kryt byly opět převážně květnaté bučiny. Výškový stupeň hnědých půd silně kyselých je současně nejvyšším stupněm souvislejšího rozšíření zemědělsky využívaných půd, i když plochy lesů jsou zde významně zastoupeny.

· Rezivá půda (podzol, kambizemní, Spodo-dystric Cambisol) tvoří víceméně souvislý výškový stupeň mezi 1 000 - 1 200 m n. m.. V této souvislosti je zajímavé zjištění, že např. v severních českých pohořích tento stupeň sestupuje o 200 m níže. Při severním okraji pásma se rezivé půdy již významněji prostupují s podzoly. Substrátem těchto půd jsou také středně mocné zvětraliny hornin skalního podkladu, i když se výrazněji uplatňují skeletovité materiály. Původném vegetačním krytem zde byly především kyselé bučiny.

· Podzol (podzol, Podzol) vytváří nejvyšší souvislý výškový stupeň zájmového území nad 1200 m n. m.. Nutno zdůraznit, že na substrátově nebo mikroklimaticky příhodných místech sestupuje i do pásem nižších. Jeho souvislé rozšíření je opět zhruba o 200 m výše než na českém horském severu. Substrátem podzolů jsou obvykle skeletovité zvětraliny pevných hornin, původní vegetací pak horské smrčiny, v místech výskytu podzolů se semihydromorfním vývojem (zrašelinělých) i smrčiny podmáčené.
Významné jsou na sledovaném území i výskyty semihydromorfních půd, vázané obvykle na terénní deprese s výplní peistocénních sedimentů typu polygenetických hlín, často s příměsí skeletu, nebo i na hluboké zvětraliny pevných hornin. Typické pro půdy této skupiny je nejčastěji periodická stagnace povrchové vody.

· Pseudoglej (pseudoglej, Dystric Planosol) tvoří menší či větší lokality na dnech a přilehlých mírných svazích terénních depresí a hlavních údolí místních vodotečí. Původním vegetačním krytem lokalit pseudoglejů byly obvykle vlhčí fáze vegetace příslušného vegetačního stupně. Jako semihydromorfní půda se pseudoglej chová azonálně a setkáváme se s ním na celém zájmovém území.

· Stagnoglej (pseudoglej, stagnoglejový, Stagno-gleyo Planosol) představuje hydromorfnější formu pseudogleje a je vázán na lokality se silně zpomaleným odtokem, případně bezodtoká stanoviště. Plocha jednotlivých lokalit je menší nežli v případě pseudogleje.

· Nivní půda (fluvizem, Fluvisol) je vázána na fluviální sedimenty obvykle větších toků, tvořící typickou aluviální nivu, stupeň hydromorfnosti, tj. ovlivnění zvýšenou hladinou podzemní vody, je podstatně nižší, než v následujícím případě. Také tyto půdy nejsou vázány na určitý výškový stupeň, i když jich směrem do nižších poloh přibývá. Původními porosty byly luhy.

· Glej (glej, Gleysol) se na našem území vyskytuje jak na fluviálních sedimentech typických niv, tak zejména na fluviodeluviálních uloženinách, které jsou pro tyto půdy velmi typické. Zpomalený odtok podzemních vod, případně jejich stagnace je podmínkou nejvyššího stupně uplatnění hydromorfismu u našich půd. Původním vegetačním krytem lokalit glejů byly olšiny.

· Rašelinná půda (organozem, Histosol) je velmi typickým fenoménem Šumavy a to jak ve formě přechodové rašeliny, tak ve formě vrchovištní, přičemž přechodové rašeliny jsou soustředěny spíše do údolních poloh a terénních depresí (místy se blíží slatinám), zatímco vrchoviště zaujímají především náhorní plošiny případně svahy vyšších poloh. Velmi rázovitá a specifická je i vegetace těchto lokalit.

Geologické, pedologické a geomorfologické podmínky vytváří základní předpoklady pro rozvoj vegetace a režim spodních a povrchových vod. Studium těchto podmínek ve vztahu k vegetaci je základním úkolem pro stanovení ochrany vod i ochrany vegetace jako celku.