Území Kvildska je z významné části tvořeno lesy. V důsledku poměrně drsného klimatu a chudého geologického podloží je ráz květeny vcelku jednotvárný, vyskytuje se zde ale řada vzácných druhů rostlin. V lesích můžeme vidět už brzy z jara oba druhy devětsilů - devětsil bílý , devětsil lékařský , sasanku hajní , plicník lékařský , nebo chráněnou dřípatku horskou . Ve smrkových porostech kvete sedmikvítek evropský , podbělice alpská a zvláště právě v jarním období nepřehlédnutelná bika lesní. Bohatě zastoupené jsou v lesích i různé druhy lišejníků. Smrky bývají často úplně obalené terčovkou bublinatou a terčovkou otrubičnou , starší listnaté stromy větvičníkem slívovým a provazovkou . Na zemi můžeme najít pukléřku islandskou , na pařezech, kamenech a tlejícím dřevě spoustu druhů dutohlávek.

Zcela odlišná je vegetace potočních niv. Mezi dominantní druhy patří mléčivec alpský, kamzičník rakouský, oměj šalamounek, pcháč různolistý, či bíle kvetoucí pryskyřník platanolistý .

Poměrně velká část území je tvořena bezlesím. Částečně jde o kulturní, obhospodařované louky. Daleko pestřejší jsou vlhké až zrašelinělé louky, na kterých můžeme najít starček potoční, prstnatec májový, všivec ladní, všivec bahenní, plešku stopkatou.
Na sušších místech jsou luční mokřady vystřídány suchomilnými společenstvy s převládající smilkou tuhou , prhou chlumní a hořcem šumavským.

Fauna měla původně téměř výhradně lesní charakter. S příchodem člověka došlo jednak ke zpestření fauny, zároveň však některé druhy ubyly ( např.medvěd, vlk, rys, kočka divoká).

Poměrně bohatý život panuje díky vysoké čistotě vod ve vodních tocích. Z rybovitých obratlovců je dominantní pstruh obecný potoční , vranka obecná a mník jednovousý . Místy se vyskytuje kriticky ohrožený zástupce kruhoústých mihule potoční .
Přehrazením Vltavy v horní části toku docházelo k částečné degeneraci populace pstruha potočního. Proto se začalo na území NP s budováním tzv. rybích přechodů. V současné době jsou přímo v obci Kvilda dva rybí přechody, třetí byl vybudován zhruba 1.5 km pod obcí ve směru na Františkov. Spolu s ostatními rybími přechody umožňují migraci ryb prakticky po celém horním toku Teplé Vltavy. Velký význam pro stabilitu populace pstruha potočního na Šumavě má i pstruhová líheň postavená v roce 1998 v těsné blízkosti obce Borová Lada na Vltavském potoce. Od roku 1999 jsou pravidelně vypouštěny plůdky pstruha potočního z této líhně do celého povodí Teplé Vltavy.

Ze skupiny plazů se zde vyskytují prakticky pouze zmije obecná , užovka obojková , slepýš křehký a ještěrka živorodá . Skupinu obojživelníků reprezentují skokan hnědý , ropucha obecná a čolek horský .

V rozsáhlých lesích se vyskytuje řada horských druhů ptáků. Můžeme zde pozorovat například datlíka tříprstého, křivku obecnou či kosa horského . Během posledních let dochází k úbytku populace tetřívka obecného a naopak se mírně zvyšují stavy tetřeva hlušce . Relativně hojnější je jeřábek lesní . Dlouhodobě neobhospodařované louky a pastviny, především v bývalém hraničním pásmu, se stávají významnými hnízdišti např. chřástala polního .

Z velkých šelem žije v území pouze rys ostrovid . Původně vyhubený druh byl na Šumavě znovu vysazen v 80. letech 20. století a během poměrně krátké doby se zde populace rysů úspěšně stabilizovala.