4 v kategorii národní přírodní rezervace na celkové ploše 1060,1 ha
1 v kategorii národní přírodní památka na celkové ploše 295,1 ha (+ jedna ve fázi schvalování)
41 v kategorii přírodní rezervace na celkové ploše 1856,1 ha
18 v kategorii přírodní památka na celkové ploše 2874,0 ha
Celková plocha zvláště chráněných území v CHKO činí 6085,3 ha, tj. 6,1 % plochy CHKO.
Evropsky významné lokality (EVL)
Na základě směrnice Rady 92/43/EHS (o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin) bylo území CHKO Šumava zahrnuto do EVL Šumava a EVL Boletice.
