Zahájení výzkumné činnosti na území Šumavy má svá ustálená a ze zákona vyplývající pravidla. Koordinace výzkumu v Národním parku Šumava vychází z "Koncepce výzkumu a dlouhodobého monitoringu" a klade si za cíl usměrňovat výzkumné aktivity v NP, tak aby citlivě získané nové poznatky mohly být v co největší míře využívány v péči o chráněné území.

Vlastní realizace výzkumu je podmíněna vydáním povolení výzkumu zvláště chráněných částí přírody pro území NP Šumava, případně též povolením výjimek ze základních ochranných podmínek národních parků (ze zákazů vjíždět motorovým vozidlem mimo silnice, místní komunikace a místa vyhrazená se souhlasem orgánu ochrany přírody, ze zákazů vstupovat na území I. zón mimo cesty vyznačené se souhlasem orgánu ochrany přírody, ze zákazů sbírat rostliny kromě lesních plodů či odchytávat živočichy, apod.) a ze základních podmínek ochrany zvláště chráněných druhů rostlin nebo živočichů (pokud jsou potřeba).

Podání žádosti o vydání těchto povolení zpravidla předchází projednání výzkumného záměru s vedoucí sekce vědy a výzkumu a ochrany přírody Správy NP (kontakt: zdenka.krenova@npsumava.cz) - vyplněnou žádost, opatřenou originálním podpisem řešitele výzkumného projektu je poté třeba zaslat na adresu sekce státní správy (Správa Národního parku a CHKO Šumava, Sušická 399, 341 92 Kašperské Hory).

Formulář žádosti je možné stáhnout zde (zadost.doc).

Data získaná v rámci vyplněné žádosti součástí celkové databáze o výzkumných projektech a slouží pro potřeby Správy i odborné veřejnosti. Výsledky výzkumu jsou zpřístupněny v odborné studovně Správy NP a CHKO v Kašperských Horách.