Národní park Šumava chrání typické ekosystémy středoevropské horské krajiny, zejména lesy, ledovcová jezera, rašeliniště a horské louky, včetně všech jejich vývojových stádií.

Zajišťuje ochranu přirozených přírodních procesů v souladu s celosvětovým posláním národních parků, a zároveň poskytuje dostatek prostoru pro aktivní ochranu druhové a genetické rozmanitosti.