Hlavní náplní činnosti správy je výkon státní správy na úseku ochrany přírody a krajiny, ochrany zemědělského půdního fondu, myslivosti a rybářství v rozsahu daném zákonem č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny.

Správa NP a CHKO Šumava také spravuje státní majetek, především zajišťuje péči o lesní pozemky a porosty, některá nelesní území a drobné vodní toky v NP Šumava.

Profesionální strážci NP Šumava poskytují informace návštěvníkům a dohlížejí na dodržování ochranného režimu.